L’organe directeur de la CPS est la Conférence de la Communauté du Pacifique, qui se réunit tous les deux ans.

Les années où la Conférence n'a pas lieu, c'est le Comité des représentants des gouvernements et administrations (CRGA) qui est habilité à prendre des décisions en matière de gouvernance.

Trois sous-comités sont par ailleurs rattachés au CRGA et y rendent compte : le sous-comité pour la mise en œuvre du Plan stratégique, le Conseil océanien de la qualité de l’enseignement et le Comité d’audit et des risques.

Le mandat de ces trois entités ainsi que l’ensemble des documents de gouvernance de la CPS figurent dans le recueil des règles de gouvernance de la Communauté du Pacifique.